As origens da Academia Clementina estão diretamente ligadas as controvérsias, que duraram vários séculos, entre artistas bolonheses e a Companhia dos Pintores,

Em 1706 Giovan Pietro (Giampietro) Zanotti, pintor e poeta, convoca no palácio do Conde Pietro Ercole Fava os pintores e artistas de Bolonha. Redigiram um Memorial que foi enviado ao Senado, órgão de governo da cidade, com o qual se reinvidicava a “nobreza da pintura” e se pedia que os artistas fossem isentos da obrigação de agregarem-se as “artes mecânicas”.

O conhecimento da qualidade particular da própria profissão -“arte liberal” e não simplesmente “arte mecânica”- testemunha o interesse dos artistas em consolidar o primado sobre as “artes mecânicas” através dos instrumentos de reflexão teórica e de pesquisa contínua que diferenciam o próprio modo de trabalhar em relação aquele do mundo artesanal.

O pedido ficou durante dois anos sem nenhuma resposta até que, em 1708, volta da França o General Luigi Ferdinando Marsili, cientista e naturalista, interessado em iniciar em Bolonha experiências análogas àquelas européias, com a fundação de um instituto que pudesse ocupar-se conjuntamente de ciências e das artes, de modo bem diferente do ensinamento universitário, presos em posições tradicionais e pouco dispostos a acolher e discutir os êxitos da pesquisa experimental. Marsili ocupou-se diretamente da questão promovendo-a, seja junto ao Senado da cidade, que junto ao Papa Clemente XI.

A partir de 1709 os artistas da cidade se reuniram regularmente no Palácio de Marsili, aprovando o Estatuto da nova instituição. Foram assim eleitos os encarregados dos cargos: um príncipe da Academia - o pintor Carlo Cignani, com mandato perpétuo, contrariamente a quanto acontecerá com aqueles que o sucederão - o vice-príncipe, o pintor Marc'Antonio Franceschini e o secretário, Giampietro Zanotti, que será até a metade do século, o principal ponto de referência da atividade organizativa da Academia. No Palácio do Conde Fava, ao lado daquele de Marsili na Rua San Mamolo, tem início a atividade das escolas inicialmente dedicadas à pintura e a escultura. Somente depois da aprovação definitiva dos Estatutos da parte do Papa Clemente XI (1711), de quem a instituição prende o nome, e com a cessão da parte do Senado de Bolonha do Palácio Poggi situado na rua então chamada S. Donato (hoje Via Zamboni) para sediar o Instituto de Ciência e das Artes, se poderá dar inicio em 1715 a abertura da escola pública para jovens que desejavam iniciar um caminho artístico.

No âmbito da Academia, em 1719, foi também instituída a escola de Arquitetura dirigida por Ferdinando Bibiena. Junto com o irmão Francisco, será, até sua morte, uma figura fundamental da instituição e entre aqueles que aprovarão o texto oficial Storia dell’Accademia Clementina, escrita pelo secretário Giampietro Zanotti, ainda hoje fonte inexaurível de indicações para os estudiosos.

Giuseppe Antonio Landi, foi como estudante, discípulo predileto de Ferdinando Bibiena, depois se tornou diretor da Escola de Arquitetura e enfim, em 1749, foi admitido entre os numerários.

Landi nunca foi esquecido, ficando até sua morte entre os Acadêmicos de Número, pelas suas qualidades pessoais e como figura de prometente arquiteto, que num país longínquo teve a ocasião de realizar seus sonhos.

A Academia Clementina marcará por quase um século a vida artística da cidade, graças às relações com as instituições análogas na Itália e na Europa, em virtude, sobretudo, do trabalho e do prestígio dos próprios membros, confirmados pela fama internacional que adquiriram.

Na idade napoleônica foi transformada na atual Academia de Belas Artes (1804) e, conjuntamente, foi criada também a Pinacoteca partindo das obras que no curso dos anos Setecentos tinham sido adquiridas através de legados e doações.