A beleza e a riqueza das terras brasileiras despertaram sempre o interesse dos viajantes impulsionados por motivações de ordem político, comercial e científico. A partir do século XVII a Amazônia é percorrida por um grande número de naturalistas atraídos pela biodiversidade desta região dominada pela floresta tropical.
A descoberta no Novo Mundo de uma natureza diferente e diversificada, motiva a produção de várias relações da parte dos exploradores, cronistas e naturalistas por mais de três séculos do período colonial.
Em 1735 o naturalista francês Charles Marie de La Condamine, juntamente com Louis Godin e Pierre Bouguer, um dos mais conhecidos astrônomo e matemático do século XVIII, foi encarregado pela Academia francesa de Ciências para efetuar uma expedição que realizou a primeira verdadeira exploração da Amazônia, de Quito seguindo o curso do Rio Amazonas. Os êxitos foram publicados em 1751 com o título Journal du voyage fait par ordre du Roi a l'équateur.

Todavia é somente depois do advento do Iluminismo e da reorganização dos ensinamentos superiores encaminhada pelo Marques de Pombal, que Portugal pode dispor dos recursos humanos necessários para aprofundar o conhecimento do seu imenso patrimônio natural. A reforma da Universidade de Coimbra em 1772 e a adesão de Portugal às Ciências Modernas, incluindo a Filosofia natural, levam a fundar o Museu Real e o Jardim Botânico da Ajuda em 1768 e a Academia de Ciências, em 1779. Estas novas instituições tornam-se as principais promotoras dos projetos de catalogação geral dos recursos naturais e econômicos de Portugal e suas colônias.
Por exemplo, as Breves instruções, editadas em 1781, foram elaboradas por diversos naturalistas e dirigidas aos correspondentes da Academia de Ciências, que se encontravam nas colonias portuguesas, não necessariamente competentes em história natural. Elas continham disposições detalhadas e minuciosas sobre os métodos e as técnicas para observar, recolher, preparar e enviar as mostras de História Natural para Lisboa.

Vários estrangeiros foram chamados para ensinar. Entre eles encontrava-se também Domenico Vandelli (1735-1816), médico, químico e botânico padovano responsável pela Cátedra de Filosofia Natural ou Ciências Naturais da Universidade de Coimbra. Ele foi o principal conselheiro das expedições filosóficas em Angola, Moçambique, Cabo Verde e Brasil.
Um certo número de pessoas nascidas no Brasil também se forma na Universidade de Coimbra e em outras universidades européias. Muitas delas foram enviadas pela Coroa portuguesa em missões oficiais de exploração geográfica e de demarcação das fronteiras, aproveitando também para a descrição da fauna e da flora. A estas se incluem as contribuições de Antonio Giuseppe Landi.

Entre os alunos de Vandelli figura o naturalista originário da Bahia, Alexandre Rodrigues Ferreira (1756-1815) que é encarregado da mais significativa expedição científica, conduzida por um brasileiro, e a de mais longa duração (quase 10 anos), da qual Landi participará, por algum tempo. Acompanhado pelo botânico Agostinho do Cabo e pelos desenhadores José Joaquim Codina e Joaquim José Freire, entre 1783 e 1792, explora 40 mil kilometros de terras. É a única expedição oficial dedicada ao estudo da História Natural da gigantesca colônia e tem como objetivo recolher material para o Museu Real da Ajuda. Infelizmente o seu imponente resultado foi saqueado pelos franceses do General Junot durante a invasão de Portugal. Os documentos da expedição compreendiam também uma impressionante série de depoimentos, de cartas, desenhos, relações. Dos manuscritos de Ferreira foram publicados importantes relatórios entre os quais Viagem filosófica ao Rio Negro e Viagem filosófica pelas capitanias do Grão-Pará, Rio Negro, Mato Grosso e Cuiabá.

Os anos Setecentos terminam com um outro grande protagonista: Friederich Heinrich Alexander von Humboldt. O naturalista e botânico alemão, entre 1799 e 1804 percorre 9650 km. através da América Latina podendo explorar, com puro espírito de conhecimento e curiosidade, a Amazônia e os sistemas fluviais do Rio Amazonas e do rio Orinoco. O resultado da sua expedição foi publicado em Paris entre 1805 e 1834 numa obra monumental de 16 volumes Voyage aux régions équinoxiales du Nouveau Continent, fait en 1799, 1800, 1801, 1802, 1803 1t 1804 par Alexander de Humboldt et Aimé Bonpland .